Înaintea primului campionat al Republicii Moldova, disputat în primăvara-vara anului 1992, echipa Zarea Bălți şi-a schimbat denumirea în Olimpia. Formația a fost inclusă în eşalonul superior al fotbalului moldovenesc. Spre deosebire de celelalte patru reprezentante ale republicii care au evoluat în campionatul URSS (Tiligul Tiraspol, Zimbru Chișinău, Tighina Bender și Bugeac Comrat, bălțenii nu au luptat pentru un loc pe podiumul de premiere, ci mai degrabă pentru evitarea retrogradării. În clasamentul final ei au ocupat locul 9 din 12, acumulând doar 17 puncte (+5=7-10) în 22 de meciuri disputate.

Și în următoarele două sezoane Olimpia n-a emis pretenții la medalii. Abia în ediția 1994/95 formația din nordul țării s-a clasat pe locul trei după o luptă strânsă cu Tighina Bender. În 26 de meciuri disputate, „galben-negrii” (anume aceste culori au fost adoptate în acea perioadă de echipă) au obținut 17 victorii, 6 meciuri le-au încheiat la egalitate și au suferit doar 3 înfrângeri (1-4, în deplasare, cu Zimbru; 1-2 și 0-2, pe teren propriu, cu Tiligul, respectiv Tighina), acumulând 57 de puncte. Formația din Bender a adunat cu un punct mai puțin.

De medaliile de bronz s-au învrednicit: Andrei Albu, Dmitri Aralchin, Anatoli Balică, Nicolae Băbălău, Anatoli Beleai, Oleg Bobu, Nicolae Bunea, Andrei Ceaica, Valeriu Cereș, Vladimir Dijovschi, Ion Dolință, Vitali Dzigovschi, Oleg Famulevici, Valeri Lebedev, Eduard Lebedinschi, Serghei Mațiura, Ghenadie Melnic, Serghei Rogaciov, Veaceslav Rusnac, Alexandr Suharev, Leonid Tcaci, Valeri Tofan, Oleg Șarapov, Vladimir Șohirev, Iuri Zatecleaev. Antrenor principal – Vladimir Oleanschi.

Până în anul 2001 Olimpia Bălți a evoluat în Divizia Națională, reușind încă de trei ori să se claseze pe locul 5 (1995/96, 1996/97 și 1998/99). De două ori echipa a ajuns până în semifinalele Cupei Moldovei, în 1996/97 (a fost stopată de Nistru Otaci, 0-1, în deplasare, 1-1, acasă) și 1998/99 (a fost întrecută de Constructorul-93 Chișinău, 0-4, acasă, 0-5, în deplasare).

Memorabil rămâne sezonul 1996/97 în care atacantul bălțenilor Serghei Rogaciov a devenit golgheterul campionatului cu un număr record de goluri marcate – 35. În 1996 el a fost desemnat și cel mai bun fotbalist moldovean al anului. Cuplul de atacanți ai Olimpiei de la mijlocul anilor ’90 Serghei Rogaciov – Victor Berco rămâne și până astăzi cel mai productiv din istoria campionatului nostru.

În sezonul 2000/01 formația din Bălți a ocupat ultimul loc în Divizia Națională și a retrogradat în Divizia A. În eșalonul secund al fotbalului moldovenesc Olimpia a evoluat în decurs de 5 ani. În ediția 2004/05 echipa a ocupat locul 3, în spatele formațiilor Dinamo Bender și Politehnica Chișinău. Peste un an a repetat această performanță și s-a calificat în Dvizia Națională datorită faptului că primele două poziții în clasament au fost ocupate de Zimbru-2 Chișinău și Sheriff-2 Tiraspol, care nu au avut dreptul de promovare.

Echipa a fost preluată de omul de afaceri din Bălți, Serghei Chiseliov. În această perioadă Olimpia a câștigat pentru a doua oară în istorie medaliile de bronz ale campionatului, a jucat în premieră într-o finală de Cupă a Moldovei și a debutat în cupele europene.

În ediția 2009/10 bălțenii au încheiat campionatul pe locul 3 (33 meciuri, +17=9-7, golaveraj 45-23, puncte – 60), fiind întrecuți doar de Sheriff Tiraspol (84 p.) și Iskra-Stal Râbnița (65 p.). Echipa s-a calificat și în semifinalele Cupei Moldovei unde a cedat în fața Daciei Chișinău, 2-4, în deplasare, 0-1, acasă.

În acel sezon pentru „alb-roșu-negri” (noile culori ale clubului) au evoluat Julius Adaramola, Vitali Bazan, Victor Berco, Evhen Berun, Ibrahima Camara, Alexandru Cheltuială, Denis Cristofovici, Vladimir Droni, Evhen Horolski, Maxim Hovanschi, Mikola Glega, Sergiu Grădinaru, Serghei Grițuc, Serghei Gusacov, Jean-Robens Jerome, Thomas Kourouma, Denis Naconecinîi, Jude Ogada, David Ogoazi, Somide Oluwawunmi, Nicolai Orlovschi, Gheorghi Ovseannicov, Mihail Paiuș, Mihail Paseciniuc, Andrian Sosnovschi, Oleg Șișchin, Andrei Tcaciuc, Eduard Valuță, Victor Verbețchi, Mikola Zbarah. Antrenor principal – Nicolae Bunea (la începutul sezonului echipa a fost condusă de Valeri Pogorelov și Emil Caras).

Astfel, în 2010 Olimpia a debutat în cupele europene. În turul întâi preliminar al Ligii Europa bălțenii au trecut de azerii de la Khazar Lankaran datorită regulii golului marcat pe teren străin, 0-0 (acasă) și 1-1 (în deplasare), iar în turul doi preliminar au fost surclasați de mult mai experimentata Dinamo (Bucureşti, România), 0-2 (a.) şi 1-5 (d.).

În 2011, Olimpia s-a calificat în finala Cupei Moldovei după ce a trecut de Sfântul Gheorghe Suruceni, 1-0 (a.), Academia UTM Chişinău, 2-0 (a.) și 1-0 (d.) și Dacia Chişinău, 1-0 (d.) și 2-1 (a.). În meciul decisiv bălțenii au cedat în fața formației Iskra-Stal Râbniţa, 1-2. Antrenorul Nicolae Bunea a folosit în acel meci următorul „11”: Mihail Paiuş, Jude Ogada, Serghei Gusacov, Gheorghi Ovseannicov (autorul golului bălțenilor), Jean-Robens Jerome (46, Cătălin Lichioiu), Andrei Tcaciuc (căpitan), Alexandru Cheltuială (80, Thomas Kourouma), Mihail Paseciniuc (75, Matthew Mutiu), Ibrahima Camara (70, Somide Oluwawunmi), Maxim Hovanschi, Julius Adaramola.

După ce Serghei Chiseliov a predat echipa în gestiunea administrației locale din Bălți ea a revenit la denumirea Zarea. Sub acest nume în anul 2016 „alb-roșu-negrii” au obținut primul trofeu din istoria clubului – Cupa Moldovei. În drum spre finală bălțenii au întrecut pe Gagauziya-Oguzsport Comrat cu 3-0 (a.), Saxan Ceadîr- Lunga cu 5-1 (a.) și Sheriff Tiraspol cu 2-1, după prelungiri (d.).

Meciul decisiv a avut loc la 25 mai 2016, pe stadionul „Zimbru” din Chișinău în prezența a circa 9.000 de spectatori, și le-a opus pe Zarea și Milsami Orhei. Bălțenii au obținut victoria cu scorul de 1-0, prin golul marcat de Gheorghe Boghiu, în prelungiri (min. 99).

Pentru Zarea în acea partidă au evoluat: Serghei Paşcenco, Andrii Slinkin, Alexandru Onica (căpitan), Andrii Nesterov, Bohdan Boiciuk (77, Aziz Deen-Conteh), Yacouba Bamba, Igor Tîgîrlaș, Lassina Dao, Ruben Gomez, Mohammed Kone, Alexandru Grosu (84, Gheorghe Boghiu). Antrenor: Igor Rahaev.

În Europa League Zarea a trecut dramatic de FK Sarajevo din Bosnia și Herțegovina, 2-1 (a.), 1-2 (d.), 6-5, după executarea loviturilor de departajare, dar în turul următor a fost învinsă de ciprioții de la Apollon Limassol, 0-3 (d.), 1-2 (a.).

Peste un an bălțenii iarăși au ajuns în finala Cupei Moldovei, dar de această dată au pierdut în fața Sheriff-ului cu 0-5, repetând astfel contraperformanța lui Tiligul Tiraspol, care în 1992 a cedat cu același scor în fața formației Bugeac Comrat.

Cu toate că au început deja să se simtă problemele financiare, Zarea destul de bine s-a prezentat în Liga Europei în confruntarea cu polonezii de la Górnik Zabrze. În deplasare ea a fost învinsă cu 0-1 (gazdele au marcat abia în min. 87), iar pe teren propriu a jucat la egalitate, 1-1 (Guillermo a deschis scorul pentru bălțeni în min. 7, dar polonezii au egalat în min. 85).

În sezonul 2018 „alb-roșu-negrii” au ocupat ultimul loc în Divizia Națională și au retrogradat. În ediția 2019 Zarea a ocupat locul 10 (din 15) în Divizia A după care și-a anunțat falimentul.

În 2020 la Bălți au fost create alte două echipe. În sezonul 2020/21, CSF Bălți, susținută de primăria orașului, a devenit campioana Diviziei A, iar Olimpia Bălți, înființată de un grup de suporteri ai vechii formații, s-a clasat pe locul 6 în seria Nord a Diviziei B.