Dacia Chișinău face parte din TOP-5 echipe care au devenit campioane ale Moldovei. În palmaresul clubului mai găsim și o Supercupă a țării. Formația din capitală de 7 ori a fost vice-campioană, o dată medaliată cu bronz și de 4 ori a jucat în finala Cupei Moldovei. În 2007 „galben-albaștrii” au ajuns în finala Cupei UEFA Intertoto.

Fotbal Club Dacia Chişinău a fost înfiinţat la 12 noiembrie 1999 de către fostul internaţional sovietic de juniori Marin Livădaru, Igor Ursachi, Valeriu Plujnic şi Alexandr Şkaruba. Din primul lot au făcut parte portarul Ghenadie Gariuc, jucătorii de câmp Alexandru Golban, Cornel Popov, Ruslan Raşcu, Serghei Coşciug, Cornel Gafton, Veaceslav Titov, Alexandru Tracalov etc. Iniţial echipa se antrena pe terenul Şcolii Republicane de Fotbal din cartierul Râşcani al capitalei.

În sezonul 2000/01 Dacia a debutat în Divizia A, la finele căruia a ocupat locul 4 din 16 participante (30 meciuri, +16=8-6, golaveraj 45-20, puncte – 56), la 13 puncte distanță de campioana Sheriff-2 Tiraspol. Dar problemele financiare cu care se confrunta echipa au pus în pericol însăşi existenţa ei. În toamna anului 2001 preşedintele clubului devine Gabriel Stati, un prosper om de afaceri. Astfel, în ediţia 2001/02 sub bagheta antrenorului Igor Ursachi „lupii galbeni” (porecla echipei) obţin promovarea în Divizia Naţională, devenind campioni în eșalonul secund: 30 meciuri, +23=6-1, golaveraj 69-13, puncte – 75. Ocupanta locului secund, Politehnica Chișinău, a acumulat 60 de puncte. Atacantul Daciei Alexandru Golban a devenit golgheterul competiției cu 21 de reușite la activ.

În sezonul de debut în elita fotbalului moldovenesc „dacii” au ocupat locul 4 și au obținut dreptul să joace în cupele europene. Debutul în Cupa UEFA Intertoto a fost reuşit. Chişinăuienii au trecut de GI (Gotu, Insulele Feroe), 4-1 (acasă) și 1-0 (în deplasare) și Partizani (Tirana, Albania), 2-0 (a.), 3-0 (d.) și au ajuns în turul trei unde au cedat greu în faţa puternicei echipe germane Schalke 04 (Gelsenkirchen), 0-1 (a.), 1-2 (d.).

Treptat Dacia a devenit una din liderele fotbalului moldovenesc. Deja în ediția 2004/05 echipa a urcat pe podiumul de premiere al campionatului, câștigând medaliile de bronz, și a jucat în finala Cupei, 0-1 cu Nistru Otaci. După care a urmat debutul în Cupa UEFA (actuala Europa League), 0-2 (d.), 1-0 (a.) cu FC Vaduz (Liechtenstein).

După ce în palmaresul Daciei și-au făcut loc trofeele interne (în 2003 și 2004 echipa a intrat în posesia Cupei Sergiu Rădăuțanu), „galben-albaştrii” s-au remarcat şi pe arena internaţională. În 2006 ei au câştigat ediția a XII-a a turneului „Cupa preşedintelui Turkmenistanului”, competiție la care au luat parte 8 echipe din Turkmenistan, Uzbekistan, Tadjikistan, Iran, Ucraina și Moldova. În finală „dacii” au învins campioana Turkmenistanului MTTU Aşgabat cu scorul de 4-3 (la un moment dat moldovenii pierdeau 0-2).

În 2007 Dacia a repetat performanța celor de la FC Tiraspol și s-a calificat în finala Cupei UEFA Intertoto. În primele două tururi chișinăuienii au trecut dramatic de FK Bakî (Azerbaidjan), 1-1 (d.), 1-1 (a.), 3-1 (la loviturile de departajare) și FC Sankt Gallen (Elveţia), 0-1 (a.), 1-0 (d.), 3-0 (dep.). În finală Dacia a fost învinsă de fosta câștigătoare a Cupei Campionilor Europeni, celebra formaţie germană Hamburger SV, 1-1 (a.), 0-4 (d.). În acea perioadă echipa era pregătită de Emil Caras, actualul secund al lui Mircea Lucescu la Dinamo (Kiev, Ucraina).

Două sezoane la rând (2007/08 și 2008/09) „galben-albaștrii” a terminat campionatul pe locul 2, iar în 2009 și 2010 au jucat în finala Cupei, pierzând în amble cazuri în fața lui Sheriff Tiraspol cu același scor, 0-2.

În sfârșit, în sezonul 2010/11 chişinăuienii au reuşit să obţină titlul de campioană a Moldovei, stopând hegemonia de 10 ani a Sheriff-ului. În cele 39 de meciuri disputate echipa antrenată de campionul olimpic Igor Dobrovolski a suferit o singură înfrângere şi a acumulat 92 de puncte, cu 9 mai mult decât Sheriff.

De medaliile de aur s-au învrednicit: portarii – Evgheni Matiughin, Ghenadie Moșneaga, Artiom Gaiduchevici, fundașii – David Gamezardașvili, Denis Ilescu, Mamuka Lomidze, Dumitru Popovici, Goran Dimovski, Abdoul Gafar Mamah, Igor Negrescu, Lucian Dobre, Ștefan Caraulan, mijlocașii – Iurie Groșev, Andrei Cojocari, Levan Korgalidze, Iulian Bursuc, Vladimir Dragovozov, Evgheni Gorceac, Victor Bulat, Alexandru Onica, Maxim Mihaliov, Serghei Namașco, Alexandru Dedov, Goran Stankovski, Ruslan Kartoev, Rohan Anthony Rocketts, Oleg Șișchin, Abdulhamid Ahilgov, Kum Maka Dezire, atacanți – Ghenadie Orbu, Eric Sackey, Oleg Molla, Alexandr Neciaev, Vitali Ledenev, Babatunde Collins, Islam Tkuroev, Vadim Erciuk, Vasili Guciașvili.

În Supercupa Moldovei-2011 Dacia a învins Iskra-Stal Râbnița cu scorul de 1-0.

Spre regret, debutul în Liga Campionaulor a fost nereușit. În primul meci disputat acasă contra georgienilor de la FC Zestafoni chișinăuienii au peirdut cu scor de neprezentare (0-3). Și cu toate că în retur au învins în deplasare cu 2-0, au ratat calificarea în etapa următoare a competiției.

În edițiile 2011/12 și 2012/13 „lupii galbeni” au încheiat campionatul pe locul 2, în spatele Sheriff-ului.

Echipa din Tiraspol s-a dovedit a fi „bestia neagră” a Daciei. În 2015 chișinăuienii au pierdut pentru a patra oară într-o finală de Cupă. În meciul decisiv Sheriff a învins-o cu 3-2, după prelungiri. În sezoanele 2015/16 și 2016/17 ambele echipe au încheiat campionatul cu același număr de puncte.

Astfel, a fost nevoie de disputat „meciul de aur”. Și în ambele cazuri au învins tiraspolenii. Pe 29 mai 2016 cu 1-0, iar pe 30 mai 2017 cu 3-0 (după executarea loviturilor de departajare, după ce timpul regulamentar s-a încheiat nedecis, 1-1). După o asemenea lovitură psihologică Dacia nu și-a mai revenit și la începutul sezonului 2018 s-a retras din campionat.

Reprezentanții „galben-albaștrilor” s-au învrednicit de numeroase premii, devenind laureați la Galele fotbalului moldovenesc: Alexandru Golban (cel mai bun atacant în 2003), Emil Caras (cel mai bun antrenor în 2006), Victor Bulat (câştigătorul premiului „Simpatia publicului” în 2008), Alexandru Onica (cel mai bun mijlocaş în 2009), Ghenadie Orbu (cel mai bun atacant în 2010 și 2011), Artiom Gaiduchevici (cel mai bun portar în 2011), Igor Dobrovolski (cel mai bun antrenor în 2011), Evgheni Matiughin (cel mai bun portar în 2012), Veaceslav Posmac (cel mai bun fundaș în 2015 și 2016), Eugeniu Cociuc (cel mai bun mijlocaş în 2015); în 2007 Dacia a fost desemnată „echipa anului”, iar în 2016 s-a învrednicit de premiul Fair Play.