Din 1946 și până în 1991 formațiile din RSS Moldovenească au evoluat în campionatul Uniunii Sovietice. În această perioadă 13 echipe din 6 orașe și-au făcut apariția pe arena unională. Iată care au fost acestea, în ordine cronologică: 

Chișinău (Spartak; Dinamo; Zimbru (sub denumirea Burevestnik, Moldova, Avântul, Nistru); Vierul), 

Bender (Lokomotiv/Nistrul/Pișcevik; Tighina), 

Tiraspol (Pișcevik/Luceafărul/Energhia/Dnestr; Start/Avtomobilist/Tekstilșcik/Tiras/Tiligul), 

Bălți (Stroitel/Stroiindustria; Pișcevik; Zarea), 

Drochia (Speranța), 

Comrat (Bugeac).

Prima echipă care a debutat în campionatul URSS a fost Spartak Chișinău. Se întâmpla în sezonul 1946 (competiția unională se disputa în sistem primăvara – toamna). Era campionatul cu numărul VIII, iar echipa din capitala Moldovei a fost repartizată în Grupa a III-a (a treia divizie valorică), Seria Sud a RSS Ucrainene. Evoluția chișinăuienilor a fost destul de bună: locul 4 din 8 competitoare cu următoarea linie de clasament – 6 victorii, un meci de egalitate și 7 înfrângeri, golaveraj 23-29. Cea mai categorică victorie a fost obținută pe teren propriu în meciul cu Spartak Ismail, care a fost surclasată cu 5-0. De menționat și două victorii cu același scor, 3-1, în compania puternicei Dinamo Odesa.

În sezonul următor locul lui Spartak pe arena unională l-a luat o altă formație din capitală, Dinamo. În decurs de trei ani alb-albaștrii au evoluat în Grupa a II-a. În 1947 și 1948 de fiecare dată au ocupat penultimul loc, iar în 1949 s-au clasat pe locul 11 din 14 competitoare. În palmaresul echipei găsim următoarele cifre: 64 meciuri, +10=9–45, golaveraj 68-160. În toamna anului 1949 dinamoviștii au disputat două meciuri de baraj pentru menținere/retrogradare cu campioana RSS Moldovenești, Burevestnik Bender. Și ambele le-a pierdut, 0-1 în deplasare, 3-6 pe teren propriu, părăsind astfel campionatul unional.

În anul 1950 orașul Bender urma să reprezinte Moldova în campionatul URSS, dar a fost luată hotărârea de a înființa echipa Burevestnik cu sediul la Chișinău. Astfel a apărut clubul care de la mijlocul anilor ’50 a devenit echipa-fanion a republicii, practic selecționata Moldovei și care a purtat numele Burevestnik, Moldova, Avântul, Nistru și Zimbru.

În perioada 1950-1991 echipa a evoluat în 42 de campionate ale URSS (în toate cele trei divizii valorice) și a disputat 1478 de meciuri (+513=417–548, golaveraj 1710-1847), dintre care 11 ediții (312 meciuri, +69=84–159, golaveraj 312-534) în eșalonul de elită. Cea mai bună performanță a fost obținută în 1956, chiar la debutul în Categoria A (Liga Superioară), când Burevestnik a ocupat locul 6 din 12 competitoare. În 1955 chișinăuienii au devenit campioni ai diviziei secunde și vicecampioni în 1973 și 1982.

În 1959 în campionatul sovietic debutează prima echipă din afara Chișinăului, Lokomotiv Bender. Pe parcursul timpului ea și-a schimbat numele în Nistrul și Pișcevik. Până în 1974 (cu întreruperi) acest colectiv a participat la 10 ediții de campionat (340 meciuri, +87=78–175, golaveraj 281-527). Cel mai bun rezultat formația l-a reușit în 1961 și 1964, când a ocupat locul 10 din 16 competitoare.

În 1960 în turneul Categoriei B își face apariția încă o echipă din capitală, Vierul. Chișinăuienii au avut o evoluție destul de bună în Seria I a republicilor unionale ocupând în clasamentul final locul 4 din 16 (30 meciuri, +13=7–10, golaveraj 37-28). Cu toate acestea în sezonul următor echipa a fost mutată la Tiraspol.

Astfel, în anul 1961 orașul de pe Nistru și-a făcut debutul pe harta fotbalistică unională. Până în 1969 evoluând sub denumirea Pișcevik, Luceafărul, Energhia și Dnestr tiraspolenii au adunat 8 participări și 282 de meciuri (+76=86–120, golaveraj 250-350). Cea mai bună evoluție echipa a avut-o în ultimul an al participării (1969) când a ocupat locul 6 din 21 de competitoare.

În sezonul 1963 pe arena fotbalistică unională își face cunoscut numele și orașul Bălți prin echipa Stroitel. În 1968 pe când evolua sub denumirea Stroiindustria a obținut și cel mai bun rezultat din istorie, locul 8 din 22 de competitoare. În total această echipă a adunat 5 participări (180 meciuri, +49=55–76, golaveraj 155-211).

În 1969 orașul de la nordul republicii a fost reprezentat de către formația Pișcevik care a ocupat locul 17 (din 21) cu următoarea linie de clasament: 40 meciuri, +9=15–16, golaveraj 26-37.

În 1976 la Drochia a fost înființată echipa Speranța, care a fost inclusă în Liga a II-a (al treilea eșalon valoric) al campionatului URSS. Pe parcurs de două sezoane ea a reprezentat Moldova pe arena unională adunând 82 de meciuri (+23=20–39, golaveraj 85-111).

Din 1978 și până la destrămarea Uniunii Sovietice în campionatul țării a participat Tiligul Tiraspol, care a purtat numele Start, Avtomobilist, Tekstilșcik și Tiras. În ultimul an al existenței URSS, 1991, Tiligul a obținut cea mai mare performanță: medaliile de argint a Ligii întâi și calificarea în Liga Superioară, unde așa și n-a mai evoluat. În total în campionatul sovietic tiraspolenii au luat parte la 14 ediții (510 meciuri, +220=125–165, golaveraj 635-500).

În anii ’80-’90 încă trei echipe din Moldova au luat parte la campionatul URSS: Zarea Bălți din 1984 până în 1991 (288 meciuri, +96=72–120, golaveraj 325-389), Tighina Bender din 1989 până în 1991 (116 meciuri, +55=23–38, golaveraj 161-132) și Bugeac Comrat în 1991 (42 meciuri, +21=11–10, golaveraj 58-43).

Un caz aparte îl reprezintă echipa Zvezda, care în perioada 1972-1975 a evoluat la Tiraspol. În pofida acestui fapt în toate anuarele rezultatele obținute sunt atribuite clubului SKA Odesa.