Fotbal Club Tiraspol a fost înfiinţat la 21 martie 2001. În vara aceluiaşi an a preluat locul în Divizia Naţională de la Constructorul-93 Chişinău. Astfel, în primul sezon de activitate a evoluat sub denumirea Constructorul, disputându-şi meciurile în satul Cioburciu, raionul Slobozia (apropo, în această localitate la sfârșitul anilor ’70 a activat una dintre cele mai bune formații din Moldova, Nistru).

În vara anului 2002 şi-a schimbat denumirea în FC Tiraspol, iar meciurile de acasă le disputa la Complexul Sheriff. Chiar în ediţia de debut formaţia a ocupat locul 4 în campionat, obţinând dreptul să evolueze în cupele europene. În primul tur al Cupei UEFA Intertoto “roş-verzii” au fost întrecuţi de cehii de la Synot (Staré Město), 0-0 și 0-4.

În sezonul 2002/03 FC Tiraspol a căzut un loc în clasament, dar a ajuns în semifinalele Cupei Moldovei, unde a pierdut în fața lui Nistru Otaci, 1-2 și 0-2. În această perioadă echipa era antrenată de ucraineanul Igor Nakonecinîi.

În următoarele două ediţii de campionat tiraspolenii de fiecare dată au încheiat competiţia pe locul patru. Deoarece în sezonul 2003-2004 ocupanta locului trei, Zimbru Chişinău, a refuzat să participe în cupele europene, FC Tiraspol şi-a făcut debutul în Cupa UEFA. Cu Victor Barâşev sr. la timonă „orăşenii” au trecut de Şirak (Ghiumri, Armenia), 2-1 și 2-0, însă în turul următor au fost stopaţi de Metalurg (Doneţk, Ucraina), 0-3 și 1-2.

În ediţia 2005/06 tiraspolenii au câştigat medaliile de bronz ale campionatului Moldovei, având-ul la timonă pe Alexandru Maţiura. Cu toate acestea FC Tiraspol a evoluat doar în Cupa UEFA Intertoto, deoarece cele două foi de calificare în Cupa UEFA le-au obţinut ocupanta locului doi în campionat, Zimbru Chişinău, şi finalista Cupei Moldovei, Nistru Otaci. De menţionat că evoluţia din acea ediţie a Cupei UEFA Intertoto a fost cea mai reuşită din istoria clubului. „Orăşenii” au trecut în primul tur de azerii de la MKT Araz (Imişli), 0-1 și 2-0, iar în turul secund au produs surpriza eliminând titratul club polonez Lech (Poznan): 1-0 (acasă) şi 3-1 (în deplasare, la un moment dat tiraspolenii conduceau cu 3-0). Din păcate, în finala competiţiei „roş-verzii” au cedat în faţa austriecilor de la SV Ried (Ried im Innkreis), 1-3 şi 1-1. Antrenor în aceste meciuri a fost ucraineanul Iuri Kuliş.

În următoarele trei sezoane echipa a mai ocupat o dată locul patru (2007/08) şi de fiecare dată s-a calificat în semifinalele Cupei Moldovei (2006/07, 2007/08 şi 2008/09).

În sezonul 2012/13 „orășenii” iarăși au ocupat locul 3 în campionat și au câștigat Cupa Moldovei. În „optimi” FC Tiraspol a trecut de Victoria Bardar (4-0), în „sferturi” de Zimbru Chișinău (2-0), iar în semifinale de Sheriff Tiraspol (2-1, după prelungiri). Finala dintre FC Tiraspol și Veris Chișinău s-a disputat pe stadionul „Zimbru” din capitală pe data de 26 mai 2013 în prezența a circa 4.000 de spectatori și a fost una dintre cele mai captivante din istorie. Tiraspolenii au deschis scorul în min. 60 prin Alexandru S. Grossu. Chișinăuienii au egalat în min. 87 datorită golului lui Cristian Cârlan, iar în min. 105 au ieșit în avantaj după autogolul lui Djibril Paye. În min. 111 Andrei Novicov de la FC Tiraspol a ratat o lovitură de la 11 metri. Cu toate acestea peste 4 minute Anatolie Cheptine a egalat. Loviturile de departajare mai bine le-au executat „roş-verzii”, 4-2. Eroul meciului a fost portarul Gheorghi Gheorghiev, care a respins două penalty-uri.

Vlad Goian, antrenorul lui FC Tiraspol, a utilizat în acel meci următorul „11”: Gheorghi Gheorghiev (căpitan), Maksim Maksimenko, Andrei Novicov, Serhii Şapoval, Alexandru Popovici (57, Gheorghi Karaneicev), Nicolae Josan (46, Alexandru A. Grosu), Evhen Zariciniuk (77, Anatolie Cheptine), Anatolie Boeştean, Alexandru S. Grosu (100, Charles Newuche), Victor Bulat, Djibril Paye.

Partida pentru Supercupa Moldovei a fost pierdută în fața concitadinei, Sheriff, 0-2, iar în turul întâi preliminar al Cupei UEFA FC Tiraspol a fost dramatic învinsă de letonii de la Skonto Riga, 0-1 (acasă), 1-0 (în deplasare), 2-4, la penalty-uri.

Cel mai bun rezultat în campionatul Moldovei „orășenii” l-au obținut în sezonul 2013/14, când s-au învrednicit de medaliile de argint (33 meciuri, +21=9-3, golaveraj 60-27, puncte – 72). Pe primul loc a încheiat competiția Sheriff (87 p.). După ediția 2014/15, pe care a încheiat-o pe locul 4, FC Tiraspol a fost desființată din lipsă de fonduri.

Pe parcursul existenței reprezentanții „roş-verzilor” au obținut următoarele trofee ale fotbalului moldovenesc: Sergiu Dadu (cel mai bun atacant în 2002), Alexandru Maţiura (cel mai bun antrenor în 2003), Igor Picuşciac (cel mai bun atacant în 2007), Alexandru Suvorov (cel mai bun mijlocaş în 2008), Vlad Goian (cel mai bun antrenor în 2012); în 2008, 2010, 2011, 2012 şi 2013 formaţia FC Tiraspol s-a învrednicit de premiul Fair Play.

Dintre jucătorii reprezentativi să-i menționăm pe Alexandru Melenciuc, Ivan Zabolotnâi, Iuri Bukel, Radu Talpă, Andrei şi Dmitri Parhomenko, Eugen Carabulea, Victor Barâşev jr., Sergiu Dadu, Sergiu Belous, Andrei Corneencov, Nicolae Josan, Ruslan Barburoş, Igor Picuşciac, Stanislav şi Sergiu Namaşco, Andrei Novicov, Sergiu Alexeev, Sergiu Paşcenco, Oleg Ichim, Vadim Boreţ, Andrei Nesteruk, Andrei Porfireanu, Olexandr Bâcikov, Eugen Gorodeţchi, Nicolae Rudac, Victor Golovatenco, Andrei Secrieru, Alexandru Suvorov, Vitalie și Victor Bulat, Gheorghi Gheorghiev, Alexandru și Dumitru Popovici, Anatolie Boeştean, Bogdan Hauși, Alexandru S. și Alexandru A. Grosu, Evhen Zariciniuk, Serhii Şapoval, Vadim Rață, Oleg Molla.