Fotbal Club Orhei a fost succesorul echipei Răut Orhei, formație care a fost campioana seriei Nord a Diviziei B în sezonul 1992/93 și medaliată cu bronz a Diviziei A în sezonul 1996/97.

În ediția 2000/01 FC Orhei a avut o evoluție slabă și a retrogradat în al treilea eșalon al fotbalului moldovenesc. În cele 30 de meciuri disputate orheienii au acumulat doar 28 de puncte (+8=4-18, golaveraj 23-49) și s-au situat pe penultima treaptă a clasamentului (mai rău a evoluat doar Maiak Chirsova cu 12 puncte la activ).

„Conducerea județului și a orașului Orhei au trasat obiectivul de a reveni în Divizia A, rememorează Valeri Jmurco, antrenorul principal al formației. Era un lucru complicat, deoarece am fost nevoiți să construim echipa practic de la „zero”. „Stranierii” care formau nucelul colectivului ne-au părăsit. Să invităm alți jucători nu aveam posibilități financiare. Astfel, am mizat pe tinerii noștri fotbaliși și nu am greșit. Echipa din prima încercare a obținut promovarea devenind campioana Diviziei B”.

În acel sezon în seria Nord participau 15 echipe (din care 14 au ajuns la finiș). Principalii aspiranți la promovare erau Agro Malinovscoe, CSAN Steaua Chișinău, FC Chițcani și Viișoara Mileștii Mici.

FC Orhei a început în forță: 7 victorii (trei pe teren străin) în primele 7 partide cu un golaveraj de invidiat 28-6.

În prima etapă, pe 26 august 2001, pe teren propriu a fost învinsă Victoraș Suruceni, 2-0. Golurile au fost marcate de Artur Calinin (min. 21) și Alexandru Maximov (min. 42).

Au fost surclasate FCM Ungheni, 6-1, Locomotiva Bălți, 5-0 (în deplasare, cu un hat-trick al lui Dumitru Plămădeală), FC Sculeni, 4-1 (în deplasare), Intersport-Aroma, 6-2. Printre învinse s-a numărat și CSAN Steaua Chișinău, 2-1. Oaspeții conduceau cu 1-0, însă golurile lui Dumitru Plămădeală și Vitalie Rotari (min. 80) au adus victoria gazdelor.

Abia în etapa a 8-a, 14 octombrie 2001, orheienii au pierdut primele puncte. Ei au fost învinși la Mileștii Mici de către Viișoara, 0-1. După aceasta a urmat încă o serie de 3 victorii consecutive.

În etapa a 12-a, 4 noiembrie, a avut loc întâlnirea liderelor. Agro Malinovscoe a primit replica lui FC Orhei. A fost un meci viu disputat în care cei circa 400 de spectatori prezenți în tribune au văzut 6 goluri marcate. Gazdele au învins cu 4-2. Golurile oaspeților au fost înscrise de Dumitru Plămădeală și Valeriu Tofan.

După tur FC Orhei ocupa loc întâi cu 36 de puncte la activ, întrecând Agro cu un singur punct. De menționat că orheienii n-au înregistrat nicio remiză.

Partea a doua a campionatului pentru orheieni a reprezentat un galop de sănătate: 12 victorii și o remiză. Cele mai categorice scoruri echipa le-a obținut în meciurile cu Locomotiva Bălți, 8-0 (hat-trick în contul lui Alexandru Maximov), FC Sculeni, 6-0, Start Pârlița, 9-0 (în acest meci Ghenadie Sîrbu a marcat 5 goluri, iar Dumitru Plămădeală a reușit un poker), Universul Popovca, 5-0.

Pe 26 mai 2002, FC Orhei și-a luat revanșa în fația lui Agro, învingând adversara cu 6-1, prin golurile înscrise de Ghenadie Sîrbu (4), Artur Calinin și Dumitru Plămădeală. Singurele puncte pierdute au fost pe 2 iunie în meciul cu FC Chițcani, 1-1, când soarta calificării era deja pecetluită.

Astfel, FC Orhei a devenit campioană cu următoarea linie de clasament: 26 meciuri, +23=1-2, golaveraj 88-19, puncte – 70. Vicecampioana, Agro Malinovscoe, și ocupanta locului trei, CSAN Steaua Chișinău, au acumulat cu 5, respectiv 19 puncte mai puține.

Dintre jucătorii care au obținut acest frumos succes să-i menționăm pe portarul Nicolae Cebanu, jucătorii de câmp – Iurie Bulmaga, Artur Calinin, Mihail și Radu Coșciug, Vladimir Gherasimov, Eugen Guzun, Alexandru Maximov (viitorul golgheter al Diviziei Naționale, sezonul 2009/10, în componența echipei Viitorul Orhei), Mihail Mitru, Stanislav Pascari, Dumitru Plămădeală (golgheterul seriei Nord cu 23 de goluri marcate), Alexandru Răilean, Vitalie Rotari, Ghenadie Sîrbu, Valeriu Tofan, Vitalie Ustică, Serghei Volcovschi. Antrenor: Valeri Jmirco.

Cu regret, situația financiară a clubului, de altfel ca și la alte echipe din acea perioadă, lăsa mult de dorit. În Divizia A orheienii au evoluat în decurs de trei sezoane de fiecare dată ocupând locuri în partea a doua a clasamentului.

În ediția 2002/03 FC Orhei s-a clasat pe locul 10 din 14 (26 meciuri, +6=6-14, golaveraj 28-49, puncte – 24), în 2003/04 pe locul 13 din 16 (30 meciuri, +10=2-18, golaveraj 26-59, puncte – 32), iar în 2004/05 pe locul 12 din 16 (30 meciuri, +7=6-17, golaveraj 24-70, puncte – 27).

Ultima apariție în campionatul republican a echipei FC Orhei o înregistrăm în sezonul 2005/06. Evoluând în seria Nord a Diviziei B ea a ocupat locul 10 din 11 (20 meciuri, +4=1-15, golaveraj 32-81, puncte – 13).