La mijlocul anilor ’90 câțiva ofițeri ai Armatei Naționale au hotărât să înființeze o echipă de fotbal. Grupul de inițiativă l-au constituit Vladimir Catruc, Valeriu Rusu și Victor Cebotari, tustrei în acea perioadă aveau grad de căpitan.

Formația a primit denumirea Steaua Chișinău și a început să evolueze în competițiile municipale. Nucleul echipei îl constituiau militarii în termen. Din lotul primei formații făceau parte cei trei fondatori, Sergiu Ocinschi, Pavel Ceban, Vadim Popa, regretații Alexandru Popovici, Sergiu Gheorghiță, Vitalie Zara.  

„Eram o echipă de amatori, își amintește Valeriu Rusu. Ministerul Apărării ne ajuta cu transportul și cu echipamentul, bani pentru evoluțiile noastre nu primeam. Ne plăcea enorm fotbalul, primeam o bucurie de la joc. Eu evoluam pe post de atacant. Îmi aduc aminte un caz din meciul cu Liftovik. La un moment dat pierdeam cu 0-2. Reușim să egalăm, după care generalul de brigadă Victor Grab, Șeful departamentului administrație militară, anunță că dacă cineva va marca golul victoriei va primi cadou ceasul lui. La un moment dat reușesc un șut la vinclul porții și obținem victoria cu 3-2... Și astăzi păstrez acasă ceasul primit cadou din partea generalului”.

În sezonul 2000/01 echipa antrenată de Vladimir Catruc devine campioană a municipiului Chișinău. În cele 22 de meciuri disputate formația a obținut 18 victorii, 2 egaluri și a suferit 2 înfrângeri, acumulând 56 de puncte, cu 6 mai multe decât vicecampioana, Dinamo. Anatol Zlatov a devenit golgheterul campionatului cu 15 goluri la activ.  

În vara anului 2001 CSAN (= Clubul sportiv al Armatei Naționale) Steaua Chişinău s-a înscris în campionatul republican. Vladimir Catruc a devenit președintele clubului, iar antrenor principal a fost numit Victor Veveriță.

Evoluând în seria Nord a Diviziei B (26 meciuri, +15=6-5, golaveraj 62-20, puncte – 51) chișinăuienii au câștigat medaliile de bronz, fiind întrecuți de FC Orhei (70 puncte) și Agro Malinovscoe (70).

În ediția 2002/03, CSNA Steaua a ocupat locul 5 (24 meciuri, +12=2-10, golaveraj 52-38, puncte – 38), cu toate acestea a obținut dreptul să evolueze din sezonul viitor în Divizia A.

„Din seria noastră în Divizia A a promovat campioana, Roso Floreni, rememorează Victor Veveriță, timonierul de atunci al echipei, în prezent antrenor de copii și juniori la clubul „Olimpic”. Dar s-a creat așa o situație că în liga secundă urmau să evolueze doar 15 formații. Mai rămânea un loc vacant. Ministerul Apărării nu mai finanța clubul, dar președintele nostru, Vladimir Catruc, a găsit un nou sponsor, AIR Moldova. Situația financiară s-a îmbunătățit simțitor și noi am acceptat să evoluăm în Divizia A. Dintre jucătorii care au evoluat în „B” aș vrea să-i numesc pe Aurel Postolachi, Maxim Donici, Anatol Zlatov, Alexandru Popovschi, Vitalie Răilean, Andrei Șoimu (fratele cunoscutului fotbalist Oleg Șoimu), Vladimir Bahvalov, Ștefan Raiu, Ruslan Savva, Chiril Iurcenco, Alexandru Vdovicenco, Vitalie Polișciuc, Alexandru Caraja”.  

Fiind nou-promovată, Steaua (echipa a evoluat deja sub această denumire, primind și porecla „aviatorii” datorită noilor sponsori), care înaintea sezonului și-a întărit serios lotul, a constituit surpriza plăcută a campionatului. Având în componență mulți fotbaliști experimentați, precum Oleg Flentea (golgheterul primei ediții a Superligii, în 1992), Igor Cuciuc (campion național cu Constructorul-93 Chișinău), Oleg Petrov, Vladimir Șohirev, Dorin Panciuc, Anatol Tîmbur (campion al Moldovei în componența echipei Zimbru Chișinău) sau Veaceslav Untilă (golgheter al Diviziei A în 1998 și 1999 pe când evolua la Dumbrava Cojușna și Petrocub Sărata Galbenă), formația din capitală din start și-a arătat intențiile de promovare.

Chiar în prima etapă Steaua a învins în deplasare Olimpia Bălți, 1-0. Au urmat victorii în confruntări cu alte pretendente la titlu: 2-1 în deplasare cu Sheriff-2 (etapa a 3-a), 1-0 în deplasare cu FCA Victoria (etapa a 12), 1-0 în deplasare cu Politehnica (etapa a 14-a), 2-1 acasă cu Zimbru-2 (etapa a 15-a). După tur chișinăuienii se aflau în fruntea clasamentul cu 37 puncte la activ, fiind urmați de Politehnica (32 p.), FCA Victoria (30 p.), Zimbru-2 (28 p.), etc. Prima înfrângere „steliștii” au suferit abia în runda a 19-a (a patra etapă din retur). La Edineț chișinăuienii au pierdut cu scorul de 0-2 în fața echipei Nistru-2.  

În partea a doua a campionatului Steaua a mai suferit două înfrângeri, dar s-a întâmplat acest lucru când soarta titlului era deja hotărâtă. În etapa a 28-a una din revelațiile competiției, Roso Floreni, a învins cu 2-1, iar în ultima rundă, a 30-a, Zimbru-2 a obținut victoria cu scorul de 3-2. La final linia de clasament a echipei a fost următoarea: 30 meciuri, +20=7-3, golaveraj 75-22, puncte – 67. Următoarea clasată, Politehnica, a acumulat 62 de puncte.

De medaliile de aur s-au învrednicit: portarii – Eugen Cheptene, Alexandru Tătaru, Alexandru Cojocari; fundașii – Andrei Ceban, Ghenadie Oxentii, Eugen Bîrdan, Andrei Șoimu, Oleg Petrov, Igor Chirianov, Dorin Panciuc (căpitan), Serghei Ocinschi; mijlocașii – Alexandr Vdovicenco, Maxim Donici, Vladimir Bahvalov, Anatol Tîmbur, Oleg Flentea, Nicolai Lahmai, Igor Cuciuc, Serghei Prohorov, Andrei Miron, Oleg Belan, Vitalie Plămădeală; atacanții – Ruslan Savva, Victor Răilean, Aurel Postolachi, Serghei Grițuc, Vladimir Șohirev, Veaceslav Untilă, Vladimir Ciubco, Mihail Iavorschi. Antrenor principal – Victor Veveriță.  

Titlul de golgheter cu câte 18 goluri la activ l-au obținut trei fotbaliști, doi dintre aceștia (Vladimir Ciubco și Vladimir Șohirev) au evoluat pentru Steaua.

Spre regret, în Divizia Națională chișinăuienii au avut o evoluție foarte slabă. În cele 28 de meciuri disputate „aviatorii” au obținut doar 4 puncte (28 meciuri, +0=4-24, golaveraj 8-83).  

Debutul a fost promițător. Chiar în prima etapă (14 august 2004) Steaua a remizat cu multipla campioană Zimbru, 0-0. În cea de-a doua cu Tiligul-Tiras, 1-1. Dar a urmat dezastrul de la Tiraspol cu ”FC”-ul din localitate, 0-7, și chișinăuienii s-au „prăbușit”. Până la sfârșitul primei părți a campionatului „steliștii” au reușit să adune doar 2 puncte: 1-1 cu FC Tiraspol în runda a 10-a (23 octombrie) și 0-0 cu Unisport-Auto în etapa a 12-a (6 noiembrie). În partea a doua a campionatului, cea de primăvară-vară, Steaua n-a obținut niciun punct și în prezent rămâne singura formație care în clasamentul all-time al Super Ligii n-are la activ nicio victorie.

„În intersezon echipa a început să se confrunte cu serioase probleme financiare, povestește Mihail Iavorschi, atacantul de atunci al clubului. AIR Moldova s-a dezis de echipă. Mai mult, au făcut-o în ultimul moment. Președintele, Vladimir Catruc, făcea tot posibilul să găsească noi sponsori, împrumuta bani de la cunoscuți. N-am avut niciun fel de pregătire. Ne-am adunat cu 3 zile până la începutul campionatului și am făcut un așa zis antrenament pe terenul de asfalt al stadionului „Dinamo”. În prima etapă am jucat cu Zimbru. Înainte de meci ei ne spuneau că le va fi milă de noi și nu ne vor bate cu un scor mare. Cu toate acestea am scos o remiză, cu toate că puteam obține chiar și victoria. Personal am avut două ocazii bune de a marca când am rămas față în față cu portarul. A urmat un egal cu o altă forță a campionatului, Tiligul-Tiras. În aceste meciuri am jucat pentru președinte care făcea încercări disperate de a găsi sponsori. Din păcate așa și n-a reușit. După câteva meciuri am fost rechemat la echipă de la care am fost împrumutat la Steaua. Iar clubul așa și nu și-a mai revenit, fiind desființat la sfârșitul campionatului”.