Istoria acestei echipe își are începutul în anul 1998. Antrenorul Victor Afanasiev în colaborare cu fostul său elev de la Școala medie nr. 13 unde a predat matematica, Igor Dimitrov, au hotărât să creeze o formație de fotbal pentru a participa la Cupa de Iarnă a Chișinăului, competiție ce se desfășura pe terenul de lângă Sala polivalentă (Manej).

Echipa nou creată a primit denumirea Eurobusinesstrans și, spre surprinderea tuturor, a câștigat competiția, învingând în finală mult mai experimentata formație a Universității de Stat. Posesori ai Cupei au devenit: portarii – Vadim Dediniov, Evgheni Podlesnov; fundașii – Aurel Colun, Alexandr Cuclov, Ghenadi Musienco, Alexandr Novicov, Vladimir Spatari; mijlocașii – Victor Afanasiev (antrenor-jucător), Andrei Angheluș, Oleg Cebanenco, Iurie Coca, Valeri Loscutov, Vladimir Mamoșin, Serghei Rotari, Iuri Volcov; atacanții – Valeriu Burlacu, Eduard Cereș, Ian Iacovenco.

„La banchetul festiv organizat după finala câștigată băieții și-au pus întrebarea ce facem mai departe? Igor Dimitrov ne-a dat asigurări că echipa va exista în continuare. Împreună cu un alt om de afaceri, Serghei Stolbov, ei vor finanța clubul cu care ne-am propus să evoluăm în campionatul republican, povestește Victor Afanasiev. De la 1 martie am început antrenamentele. Ne-am adresat la federație cu rugămintea de a fi incluși în Divizia B, dar am fost refuzați”.

Cu toate acestea echipa a debutat în campionatul Moldovei chiar în sezonul 1998/99. În ultimul moment din motive financiare a refuzat participarea în seria Nord a Diviziei B TTA (Termotransauto). Formația din Strășeni a devenit vicecampioana Diviziei B în ediția 1996/97, iar în sezonul următor a evoluat în Divizia A sub titulatura Unisport-2 TTA, ocupând locul 12 (din 14).  

Deoarece programul campionatului era deja întocmit echipa s-a numit oficial TTA-Inter Strășeni. Denumirea prescurtată a formației din Milano a fost adoptată deoarece culorile tricourilor în care evolua echipa erau negru-albaștri.

TTA-Inter a avut un parcurs impecabil, devenind campioana seriei Nord. În cele 24 meciuri disputate formația a obținut 19 victorii (dintre care 18 pe teren propriu), două meciuri le-a jucat la egalitate (4-4 acasă cu Locomotiva Bălți și 0-0 în deplasare cu Orhei-VIT) și a suferit 3 înfrângeri cu un golaveraj 65-31. A acumulat 59 puncte, cu 10 mai multe decât următoarea clasată, Universul Popovca (în ambele întâlniri cu principala contracandidată la titlu victoria a fost de partea lui TTA-Inter, 2-1 acasă și 3-1 în deplasare). De asemenea a stabilit recordul seriei după ce a realizat cea mai mare diferenţă de scor: 9-0 cu FC Coșnița pe 23 mai 1999.

De titlul de campion s-au învrednicit: portarul – Serghei Venedictov; fundașii – Oleg Ivanov (antrenor-jucător), Nicolai Panu, Igor Procopeț, Serghei Railean; mijlocașii – Serghei Bejan, Valentin Gălușcă, Vitalie Gluhenchi, Ruslan Miron, Vitali Polișciuc; atacanții – Eduard Cereș, Ian Iacovenco, Mihail Iavorschi. Antrenor principal – Victor Afanasiev.

Odată cu promovarea în Divizia A în cadrul staff-ului tehnic au intervenit schimbări. Președinte a devenit omul de afaceri Evgheni Chirilov, Victor Afanasiev - manager general și antrenor al echipelor de copii și juniori, antrenor principal – Oleg Ivanov, antrenori – Alexandr Vîblov și Vitalie Galat. Echipa și-a schimbat și numele în Intersport Chișinău.

În sezonul 1999/2000 formația din capitală a ocupat un pestigios loc 4, fiind întrecută doar de Sheriff-2 Tiraspol (61 puncte), Haiduc-Sporting USM Hânceşti (59 p.) și Petrocub Sărata Galbenă (50 p.). Intersport a adunat 48 de puncte (în 26 de meciuri au fost obținute 14 victorii, 6 remize și tot atâtea înfrângeri, golaveraj 42-20). Cele mai categorice victorii au fost obținute în meciul de pe teren propriu cu Răut Orhei și în disputa din deplasare cu Cimentul Râbnița, ambele cu 4-0. Chișinăuienii au învins acasă campioana, Sheriff-2, cu 1-0. Cu același scor a câștigat ambele întâlniri cu ocupanta locului trei, Petrocub.

O evoluție meritorie au avut și echipele de copii și juniori. Copiii (anul nașterii 1984-1985) au ocupat locul 2, iar juniorii (anul nașterii 1982-1983) s-au clasat pe locul 6.

Și în ediția 2000/01 chișinăuienii nu s-a făcut de râs, ocupând locul 5 în urma lui Sheriff-2 Tiraspol (69 p.), Happy End Camenca (68 p.), Petrocub-Condor Sărata Galbenă (58 p.) și Dacia Chişinău (56 p.). Intersport a acumulat 48 de puncte (30 jocuri, +13=9-8, golaveraj 40-26), lăsând în urmă echipe puternice, precum Fortuna Edineţ, Energetic Dubăsari, Unisport-Auto Chişinău, Zimbru-2 Chişinău sau Cimentul Râbniţa. Cele mai categorice victorii au fost obținute pe teren propriu în meciurile cu Trachia-Corten Taraclia și Maiak Chirsova, în ambele cazuri 5-0. Cele mai severe înfrângeri au fost suferite în deplasare în întâlnirile cu Petrocub-Condor (1-4) și Trachia-Corten (0-3). De menționat și victoriile de pe teren străin în partidele cu vicecampioana Happy End (1-0) și Dacia (3-1).

Iarăși s-au evidențiat echipele de copii și juniori. Copiii (anul nașterii 1984-1985) au încheiat competiția pe locul secund, iar juniorii (anul nașterii 1983-1984) au ocupat locul întâi, primind dreptul să evolueze în etapa finală care a avut loc la Cahul.

În această perioadă pentru echipa de seniori au evoluat: portarii – Alexandr Crivoi, Valentin Morcov, Serghei Plămădeală, Serghei Venedictov; fundașii – Iurie Bodiu, Emil Caras, Aurel Colun, Dorin Panciuc, Nicolai Panu, Serghei Sili, Alexandr Zubarev; mijlocașii – Serghei Bejan, Valentin Gălușcă, Vitalie Gluhenchi, Gheorghi Malinovschi, Ruslan Miron, Sergiu Nemțanu, Serghei Tverdohleb; atacanții – Ian Iacovenco, Mihail Iavorschi, Ghenadie Orbu, Vladimir Șohirev.

„La Intersport am început cariera de jucător profesionist. Am amintiri plăcute din acea perioadă. Era un colectiv unit. Cu toate că eram unul dintre cei mai tineri în echipă n-am simțit presiune din partea colegilor mai în vârstă”, își amintește Ghenadie Orbu, campion al Moldovei în componența formației Dacia Chișinău.

În anul 2001 echipa a început să se confrunte cu serioase greutăți financiare. Antrenor principal a devenit Vitalie Galat. Formația și-a schimbat denumirea în Haiduc-Intersport și și-a mutat sediul la Hâncești.  

Sezonul 2001/02 echipa l-a încheiat pe locul 14 cu 26 puncte la activ (30 jocuri, +7=5-18, golaveraj 31-55), întrecând doar pe Energetic Dubăsari (25 p.) și ULIM Chişinău (21 p.), după care și-a încetat existența.

Din 2001 și până în 2016 pe arena republicană a evoluat echipa Intersport-Aroma Cobusca Nouă, dar ea nu are nimic în comun cu Intersport Chișinău.