Pe 10 februarie 1993, secretarul general de atunci al FMF, Petru Comendant a primit o scrisoare semnată de șeful Departamentului Juridic al UEFA, Markus Studer, în care acesta anunța că Comitetul Executiv al forului fotbalistic european a luat decizia să acorde Federației noastre statutul de membru asociat. Astfel, FMF a devenit membru al UEFA, fiind astăzi una dintre cele 55 de federații europene afiliate la forul fotbalistic european.

Încă din primul an de la fondare, Federaţia Moldovenească de Fotbal avea ca obiectiv prioritar aderarea la organizaţiile internaţionale - UEFA şi FIFA.

Primii pași au fost făcuți în februarie 1992, când forul de profil a expediat la UEFA şi FIFA actele necesare pentru intrarea Moldovei în familia fotbalistică internaţională.

În ianuarie 1993, președintele UEFA, Lennart Johansson, în timpul vizitei sale la Moscova, cu ocazia primei ediții a Cupei Comunității Statelor Independente și Țărilor Baltice, a avut întrevederi și cu conducătorii federațiilor nou formate. În timpul discuțiilor cu președintele FMF, Constantin Tampiza, șeful forului european a dat asigurări că în cel mai scurt timp FMF va fi acceptată în calitate de membru UEFA.

Afilierea FMF la UEFA a avut un impact important asupra dezvoltării fotbalului în Republica Moldova.

Începând cu anul 1993, cluburile moldovenești participă cu regularitate în cupele europene, Sheriff Tiraspol reușind performanța să se califice, în anul 2021, în grupele Ligii Campionilor UEFA și de 5 ori în faza grupelor Ligii Europei UEFA (2009, 2010, 2013, 2017, 2022).

Din anul 1994 Naționalele Moldovei participă la toate competițiile organizate de UEFA, iar în anul 2002 selecționata U17 a Moldovei a jucat prima și deocamdată singura dată la un turneu final, Campionatul European pentru juniori U17.

Pentru prima dată reprezentanții FMF (Constantin Tampiza, Anatol Teslev și Ion Caras) au participat la un Congres UEFA la Viena, în primăvara anului 1994. De atunci delegația FMF participă la toate Congresele UEFA și își exercită dreptul de vot. 

Începând cu anul 1994, reprezentanții FMF activează în calitate de delegați, observatori de arbitri, observatori tehnici, arbitri, asistenți de arbitri, ofițeri de securitate, directori de meci și ofițeri media ai UEFA.

Fostul președinte FMF, Constantin Tampiza a fost primul oficial, care a deținut o funcție la UEFA – membru în Comitetul pentru organizarea EURO 1996 din Anglia. Iar primul meci oficial cu o brigadă de arbitri moldoveni s-a jucat pe 20 septembrie 1995: Ungaria – Israel (echipe U16), avându-i ca protagoniști pe Vladimir Antonov (la centru), Valeriu Sorochin și Anatol Ianeț (ambii, asistenți).

Datorită programului UEFA “HatTrick” au fost instalate în toată țara peste 500 de terenuri de fotbal și mini-terenuri cu acoperire artificială.

Pe 28 mai 1998 a avut loc ceremonia de inaugurare a Casei Fotbalului, sediul FMF, construit cu suportul financiar al UEFA.

Centrul de pregătire al selecționatelor Moldovei de la Vadul lui Vodă a fost dat în exploatare pe 22 august 2002, apoi reconstruit în urma inundațiilor din anul 2008, inclusiv cu ajutorul financiar al forului fotbalistic european.

UEFA a sprijinit financiar, prin intermediul programului „HatTrick”, construcția complexului sportiv multifuncțional „Futsal Arena FMF”, din comuna Ciorescu, care a fost dată în exploatare pe 15 noiembrie 2014.

De asemenea, FMF este afiliată la Convenţiile UEFA pentru fotbalul de mase, licențierea cluburilor de fotbal și a antrenorilor, precum și pentru pregătirea arbitrilor, ceea ce permite reprezentanților FMF și a structurilor fotbalistice din țară să participe cu regularitate la diferite conferințe, cursuri, seminare, summit-uri, workshop-uri, la care obțin cunoștințe necesare pentru dezvoltarea fotbalului moldovenesc. 

UEFA a anunțat componențele comitetelor sale pentru perioada anilor 2019-23. Astfel, forul fotbalistic european i-a reconfirmat pe Pavel Cebanu în funcția de prim-vicepreședinte al Comitetului Fotbal, Nicolae Cebotari – prim-vicepreședinte al Comitetului Media, Adrian Ixari - membru al Comitetului Securitate și Stadioane, Vladimir Antonov - membru al Comisiei Convenției de Arbitraj.

În același timp, UEFA a anunțat despre numirea altor oficiali din Republica Moldova în structurile sale. Președintele FMF, Leonid Oleinicenco, a fost ales membru al Comitetului Asociații Naționale, Igor Popov - membru al Comitetului pentru Statutul Jucătorilor, Diana Bulgaru - membru al Comitetului Grassroots, iar Sergiu Lisnic - membru al Comitetului Managementul și Construcția Stadioanelor.

Pavel Cebanu este cel mai longeviv membru al Comitetelor UEFA. A fost membru în Comitetele UEFA: „U-21” (1997-2000) și Pentru Dezvoltarea Tehnică (2000-2007). În anul 2007 a fost ales prim-vicepreşedinte al Comitetului UEFA al Fotbalului, funcţie pe care o deţine şi în prezent.

UEFA a avut un rol considerabil și la elaborarea noii Strategii de Dezvoltare a fotbalului moldovenesc, datorită programului UEFA Grow ”Federațiile viitorului”, FMF împreună cu UEFA au stabilit 4 direcții principale pe care Federația se axează în perioada 2020-24: fotbalul de mase (Grassroots), echipa Națională a Moldovei, Super Liga și fotbalul feminin.

De-a lungul anilor, Republica Moldova a fost vizitată de conducătorii forului european, Lennart Johansson, Michel Platini și Aleksander Čeferin, care au apreciat la cel mai înalt nivel procesul de dezvoltare a fotbalului moldovenesc.

Pe 22 septembrie 2021, la Chișinău a avut loc în premieră ședința Comitetului Executiv UEFA. În capitala Moldovei s-au aflat conducătorii UEFA, în frunte cu președintele, Aleksander Čeferin și directorul Asociațiilor Naționale, Zoran Laković, membrii executivului, precum și legendele fotbalului mondial, în prezent experți UEFA și ambasadori ai fotbalului, Luis Figo, Zvonimir Boban, Davor Șuker, Nadine Kessler, Maxwell sau Robbie Keane. Peste 60 de copii de la diferite instituții de învățământ, implicate în proiectul "Fotbal în școli", au participat alături de legendele fotbalului european și mondial, la un festival fotbalistic organizat la Liceul Teoretic ”Nicolai Gogol” din Chișinău. Vizita delegației oficiale UEFA a continuat la sediul Parlamentului, unde a avut loc o întâlnire a conducerii UEFA și FMF cu președintele legislativului, Igor Grosu. Președintelui UEFA, Aleksander Čeferin i s-a conferit distincția Parlamentului Republicii Moldova ”Medalia Democrației” în semn de recunoaștere pentru promovarea și dezvoltarea domeniului sportiv.