Toate cele 5 formații (Locomotiva, CSA Victoria, Dinamo Bender, Stimold şi Speranţa) care în sezonul 1997/98 au jucat în Divizia Națională și-au continuat evoluția în Divizia A în ediția 1998/99, doar că „militarii” s-au mutat de la Cahul la Chișinău (își disputau meciurile pe stadionul din orășelul Codru), iar Stimold a fuzionat cu Codru Lozova.

Lims-USM Anenii Noi a devenit Sporting-USM Chișinău, cu toate că a continuat să joace pe terenul din centrul raional. Migdal Carahasani a încheiat un contract de colaborare cu Universitatea Agrară de Stat din Moldova, primind denumirea Migdal-UASM. ULIM s-a despărțit de Codru, devenind ULIM-Tebas Chișinău, iar formația din Călărași, invocând probleme de ordin financiar, s-a retras din competiție. În ultimul moment ea a fost înlocuită cu Petrocub-Spicul Sărata Galbenă, predecesoarea actualei vice-campioane, Petrocub Hâncești.

Competiția a început pe data de 8 august 1998. În partida proaspetelor retrogradate din DN, CSA Victoria și Locomotiva, succesul a fost de partea oaspeților. Singurul gol al meciului l-a marcat Anatol Eni în min. 16. Încă o fostă divizionară națională, Stimold-Codru, a pierdut în fața principalei candidate la titlu, Zimbru-2 (în sezonul trecut echipa secundă a „galben-verzilor” a devenit vice-campioana Diviziei A, fiind întrecută doar de Sheriff), 1-3. Au înscris: Boris Pronevoi (min. 50, din penalty), respectiv Serghei Butelschi (min. 4) și Dumitru Gușilă (min. 51, 72). În meciul campioanelor Diviziei B din sezonul 1997/98, Venita – Sheriff-2, a fost consemnat rezultatul de egalitate, 2-2. Au marcat: Valentin Popovici (min. 34), Denis Abdulkadîrov (min. 52), respectiv Veaceslav Bugneac (min. 22), Serghei Nudnîi (min. 85, din penalty). Partida din cadrul etapei inaugurale dintre formațiile Dinamo și Speranța a fost amânat, deoarece la sfârșitul lunii iulie decedase președintele clubului din Bender, Anatoli Tuluș.

În etapa a 3-a primele puncte le-a pierdut Zimbru-2. „Galben-verzii” au jucat pe teren propriu cu Migdal-UASM, 0-0. Pe primul loc se afla Locomotiva (9 puncte), iar deținătoarea „lanternei roșii” era Răut, formație care câțiva ani în urmă lupta pentru promovare în primul eșalon valoric.

În runda următoare lidera a suferit înfrângere în meciul de pe teren propriu cu Zimbru-2, 0-1. Unicul gol a fost marcat de Boris Cebotari în min. 87.

După cinci etape disputate pe primul loc a urcat Zimbru-2 (13 p.), fiind urmată de Locomotiva – 12 p., Sporting-USM – 11 p., și trei echipe care au acumulat câte 10 p.: Sheriff-2 (după 4 partide jucate), Migdal-UASM și ULIM-Tebas.

În etapa a 6-a surpriza a furnizat-o Dumbrava, care a învins în deplasare Zimbru-2, 1-0, prin golul marcat de Radu Munteanu în min. 84. Echipele care n-au gustat din amarul înfrângerii rămâneau Sporting-USM, Sheriff-2 și Dumbrava.

După etapa a 7-a lider a devenit Sheriff-2. Tiraspolenii au învins pe teren străin Locomotiva, 1-0 (gol: Veaceslav Bugneac în min. 11) și au acumulat 16 puncte. Tot atâtea avea la activ și Zimbru-2, dar cu un golaveraj inferior. Formația din Basarabeasca se clasa pe locul 3 cu 15 puncte la activ.

După ce în etapa a 10-a Sheriff-2 a jucat în deplasare la egalitate cu Petrocub-Spicul, 0-0, iar Zimbru-2 la Râbnița a învins Cimentul din localitate, 2-1 (goluri: Vadim Boreț în min. 20, Anatol Stăvilă în min. 78, respectiv Iuri Sidorov în min. 52), primele locuri în clasament le ocupau: 1. Zimbru-2 – 25 p., 2. Sheriff-2 – 23 p., 3. Migdal-UASM – 22 p., 4. Locomotiva – 21 p.

Pe 22 octombrie (etapa a 12-a) s-a disputat derby-ul dintre Zimbru-2 și Sheriff-2. Chișinăuienii au obținut o victorie clară cu 3-0 prin golurile lui Dumitru Marțun (min. 33), Valeri Lebedev (min. 51) și Vladislav Gavriliuk (min. 65). A fost prima înfrângere a tiraspolenilor.

După prima parte a campionatului situația în clasament era următoarea: 1. Zimbru-2 – 38 p., 2. Migdal-UASM – 35 p., 3. Sheriff-2 – 34 p., 4. Locomotiva – 34 p., 5. Energetic – 26 p., 6. ULIM-Tebas – 24 p., 7. Dumbrava – 23 p., 8. Sporting-USM – 21 p., 9. CSA Victoria – 20 p., 10. Venita – 18 p., 11. Petrocub-Spicul – 17 p., 12. Cimentul – 17 p., 13. Stimold-Codru – 14 p., 14. Răut – 13 p., 15. Dinamo – 6 p., 16. Speranța – 1 p.

Returul a început pe 24 martie 1999. Au fost amânate meciurile din cadrul etapelor 16 și 17 ale campioanei de toamnă, Zimbru-2, cu Stimold-Codru și Răut, deoarece majoritatea fotbaliștilor clubului chișinăuiean participau în acea perioadă la turneul internațional „Paolo Valenti” din Italia. În aceste condiții Migdal-UASM care a jucat la egalitate cu ULIM-Tebas, 1-1, și a învins CSA Victoria, 2-1, a urcat în fruntea clasamentului. Între timp Sheriff-2 a jucat la egalitate cu Venita, 0-0, și a pierdut în fața Cimentului, 0-1 (gol: Vasili Șalovici în min. 61), și a coborât pe locul 4.

Pe 3 aprilie Migdal-UASM a întâlnit pe teren propriu Zimbru-2 și a cedat cu 2-5. Au marcat: Serghei Scutelnic (min. 4), Vitalie David (min. 79), respectiv Sergiu Dodul (min. 19), Oleg Șoimu (min. 27), Liviu Andriuță (min. 33), Serghei Mihov (min. 65 și 87).

În etapa a 19-a au fost înregistrate două scoruri mai puțin obișnuite. Sheriff-2 a învins Speranța cu 9-0 (un hat-trick a înregistrat Veaceslav Bugneac, min. 34, 46, 49, din penalty), iar Zimbru-2 a întrecut Locomotiva cu 10-1 (un penta-trick a înscris Kirill Rîbakov, min. 8, 38, 53, 74, 78).

În etapa a 21-a Dumbrava pentru a doua oară în acel sezon a învins Zimbru-2. De această dată cu 2-1. Oaspeții au deschis scorul prin Alexandru Stadiiciuc în min. 5. Golurile cojușnenilor au fost marcate de Iuri Lîsenco în min. 36 și 79. În clasament situația era următoarea: 1. Zimbru-2 – 50 p. (după 20 de partide disputate), 2. Sheriff-2 – 47 p., 3. Migdal-UASM – 43 p., 4-5. Energetic și Locomotiva – câte 38 p. Locurile retrogradabile erau ocupate de Dinamo (6 p.) și Speranța (5 p.).

După ce în următoarele două etape Zimbru-2 a acumulat un singur puncte (1-1, cu Sporting-USM și 1- 2, cu Energetic), lideră a devenit Sheriff-2. Podiumul era ocupat de tiraspoleni (53 p.), chișinăuieni (51 p. și un joc mai puțin disputat) și Migdal-UASM (49 p.).

Pe 22 mai (etapa a 27-a) Sheriff-2 iarăși a pierdut în fața Zimbrului-2, 2-3. Pentru gazde a înscris Veaceslav Bugneac (min. 23 și 52), iar pentru oaspeți Sergiu Dodul (min. 55), Dumitru Gușilă (min. 58) și Vadim Boreț (min. 62). „Galben-verzii” au revenit în fruntea clasamentului (64 p.), fiind urmați de Sheriff-2 (62 p.), Migdal-UASM (53 p.), Energetic (49 p.), ULIM-Tebas (48 p.).

După ce în etapa a 28-a Energetic a învins pe teren propriu Sheriff-2 cu scorul de 1-0 (gol marcat de Vladislav Pocotilo în min. 2), iar Zimbru-2 a surclasat Venita cu 7-1 (patru goluri a înscris Kirill Rîbakov) soarta titlului a fost practic pecetluită.

Golgheter al competiției a devenit Veaceslav Untilă (în acel sezon a evoluat la Dumbrava și Petrocub-Spicul) cu 23 de goluri la activ. El a fost urmat de Veaceslav Bugneac (Sheriff-2) și Vitalie David (Migdal-UASM) – ambii cu câte 19 goluri. Câte 13 goluri au marcat Vitalie Antonov (Migdal-UASM) și Iuri Lîsenco (Dumbrava), câte 12 – Serghei Nofit (Cimentul) și Kirill Rîbakov (Zimbru-2).

Deoarece Zimbru-2 și Sheriff-2, conform regulamentului, nu puteau promova în Divizia Națională acest drept l-a obținut, Energetic. Migdal-UASM, echipa clasată pe locul 4, a refuzat participarea la meciurile de baraj contra reprezentantei DN, Unisport Chișinău.

Au retrogradat echipele care în sezonul trecut au evoluat în primul eșalon valoric, Dinamo și Speranța. Ambele formații au fost excluse din competiție pentru neprezentări. Clubul din Bender după etapa a 20-a, iar cel din Nisporeni după etapa a 28-a în celelalte meciuri suferind înfrângeri tehnice (-:+).

Campioni ai Diviziei A au devenit: portarii Sergiu Diaconu și Ghenadi Altman, fundașii Sergiu Dodul, Ghenadi Olexici, Alexandru Croitor, Dumitru Marțun, Ghenadi Milcev, Ivan Todorov, mijlocașii Vlad Robu, Serghei Butelschi, Ruslan Ghilazev, Vadim Boreț, Serghei Zgura, Liviu Andriuță, Serghei Mihov, Alexei Savinov, Oleg Șoimu, Alexandr Stadiiciuc, Boris Cebotari, Alexei Munteanu, Oleg Lazarev, Andrei Mațiura, Serghei Pisnic, atacanții Dumitru Gușilă, Anatol Stăvilă, Kirill Rîbakov, Iurie Miterev, Valeri Lebedev, Vladislav Gavriliuk. Antrenor principal – Serghei Carmanov, antrenor secund – Victor Teslev.

• În sezonul 1998/99, Divizia B a avut următoarea structură: 30 de echipe au fost repartizate conform criteriului geografic în 2 serii (Nord – 16 formaţii, Sud – 14).

• TTA Strășeni a întrerupt colaborarea cu Unisport Chișinău și și-a schimbat denumirea în TTA-Inter.

• Abus-96 Chișinău a încheiat un acord de colaborare cu Victoria Chișinău, evoluând sub denumirea Victoria-2 Abus.

• În competiţia Diviziei B au fost incluse următoarele formaţii noi: seria Nord – FC Cricova, Cristalul Briceni (a luat locul formației Automobilistul), FC Orhei-VIT, Universul Popovca; seria Sud – Agro-2 Chișinău, Catalan Ghidighici, Miciurineț Blijnii Hutor, Vister Ciadîr-Lunga (a luat locul formației TFZ).

• Au efectuat o rocadă echipele Universitatea Tehnică Chișinău și Abus-96, care în sezonul precedent au evoluat în seria Nord, respectiv Sud.

• După etapa a 7-a (20 septembrie 1998) din competiție s-a retras formația Vierul Sângerei, iar după etapa a 10-a (11 octombrie 1998) – echipa Prețios Ungheni.

• După tur a abandonat competiţia Spicul Chișcăreni. Toate cele trei formații care s-au retras au făcut parte din Seria Nord.

• În ediţia 1998/99 au evoluat două „farm-cluburi”: Victoria-2 Abus şi Agro-2 – ambele din Chișinău și care au evoluat în seria Nord, respectiv Sud.

• Cea mai mare diferenţă de scor a fost înregistrată în meciurile: TTA-Inter Strășeni – FC Coșnița 9-0 (23 mai 1999) – în seria Nord; Maiak Chirsova – Catalan Ghidighici 13-0 (2 mai 1999) – în seria Sud.