Clubul de fotbal Academia Chişinău a fost înfiinţat la 2 iunie 2006 şi înregistrat oficial la 14 iunie 2006. Fondatorii echipei, campionul olimpic Igor Dobrovolski, Alexandru Cojuhari şi Eduard Rotari, au anunţat drept scop selectarea, creşterea şi educarea tinerelor talente fotbalistice din Republica Moldova.

La preselecţia din vara anului 2006 organizată la stadionul CSCT-Buiucani s-au prezentat circa 300 de candidați, dintre care au fost selectaţi cei mai buni. Echipa, baza sportivă a căreia era situată în oraşul Ialoveni, a fost înscrisă în Divizia A. În ediția de debut ea s-a clasat pe un modest loc 10 (din 14) Dar deja în sezonul 2007/08 Academia a ocupat locul 3 în eşalonul secund al fotbalului moldovenesc, și deoarece Sheriff-2 Tiraspol (campioana Diviziei A) nu a avut drept de promovare, iar Beşiktaş Chişinău (echipa clasată pe locul doi) nu a trecut procedura de licenţiere, a obţinut locul în Divizia Naţională.

În vara anului 2008 clubul a încheiat un parteneriat cu Universitatea Tehnică din Moldova şi a primit denumirea Academia-UTM, iar echipa a doua a fost înscrisă în Divizia A cu numele Politehnica-UTM. În urma acordului cu UTM baza sportivă a echipei a devenit Complexul Sportiv al Tineretului UTM, inaugurat pe 17 noiembrie 2007. El este sitaut în sectorul Râşcani (nordul Chişinăului). În afara stadionului principal cu gazon natural (dimensiuni: 105x68 m.; capacitatea: 2.888 locuri; pistă de atletism cu 8 culoare), complexul include un stadion cu suprafaţă artificială, un mini-teren de fotbal, unul de volei, 6 terenuri de tenis şi un bloc administrativ.

La începutul anului 2009 Academia-UTM a câştigat primul trofeu din istorie – Cupa de iarnă „Sergiu Rădăuţanu”. În finală a fost învinsă formația chișinăuiană Aniaj PSV cu scorul de 1-0.

Evoluţia în campionat a fost modestă. „Alb-albaştrii” au ocupat ultimul loc în clasament, însă au rămas în eşalonul de elită deoarece numărul echipelor din Divizia Naţională a fost mărit până la 12.

În sezonul 2009/10 Academia-UTM a obţinut cea mai bună performanţă în campionat – locul 7 acest rezultat a fost repetat în edițiile 2012/13 și 2014/15). Un parcurs reuşit a avut formaţia şi în Cupa Moldovei. În faza sferturilor de finală „studenţii” au întâlnit puternica echipă Sheriff. În primul meci disputat la Tiraspol scorul a rămas „alb”. În partida de răspuns, disputată pe stadionul Dinamo din capitală, după 90 de minute de joc de asemenea a fost înregistrat scorul de 0-0. Abia în minutul 94 oaspeţii au reuşit să înscrie şi să obţină o victorie la limită. De menţionat că în acel sezon Sheriff a reuşit „eventul”, câştigând atât campionatul, cât şi Cupa Moldovei.

Academia-UTM s-a „răzbunat” în ediţia următoare de campionat. În trei meciuri susţinute în compania Sheriff-ului „alb-albaştrii” au obţinut 7 puncte. Cu toate acestea echipa a încheiat competiţia doar pe locul nouă. În cadrul Cupei Moldovei formația din capitală din nou a ajuns în „sferturi”. Bariera sferturilor de finală așa și nu a fost depășită de „alb-albaștri” care au mai ajuns în această fază a competiției încă în două rânduri, edițiile 2013/14 și 2015/16.

În 2012 Academia a reziliat contractul cu UTM și a revenit la denumirea inițială. O serie de jucători ai echipei au apărat culorile naţionalei Moldovei: Maxim Copelciuc, Eugeniu Gorceac, Igor Bugaiov, Denis Calincov, Maxim Potârniche, Valeriu Ciupercă, Adrian Caşcaval, Dan Pâslă, Ștefan Caraulan, Radu Gânsari, Oleg Andronic, Alexandru Dedov, Alexandru Suvorov, Artur Patraș, Alexandru Leu, Oleg Clonin. În formaţia de tineret au evoluat: Eugeniu Gorceac, Vasile Carauş, Eugen Slivca, Maxim Copelciuc, Petru Leucă, Alexandru Chiciuc, Maxim Potârniche, Valeriu Ciupercă, Radu Gânsari, Mihai Plătică, Igor Lambarschi, Nicolae Triboi, Victor Dâmov, Alexandru Vremea, Alexei Solomin, Maxim Focșa, Ion Prodan, Sergiu Matei, Cristian Avram.

Alți jucători reprezentativi care au îmbrăcat tricoul „alb-albastru” au fost: Serghei Cuznețov, Denis Ilescu, Dumitru Berbinschi, Petru Ojog, Andrei Bugneac, Vladimir Potlog, Efim Cojuhari.

Sezonul 2016/17 a fost ultimul din istoria clubului. Cu toate că a încheiat competiția pe locul 8 (din 11) formația din capitală s-a retras din campionat din motive financiare.

În clasamentul all-time al Diviziei Naționale Academia Chișinău ocupă locul 14 (282 meciuri, +72=61-149, golaveraj 277-452, 277 puncte).