În primul sezon fotbalistic după obținerea independenței Bugeac Comrat a devenit deținătoarea Cupei Moldovei după ce în finală a surclasat-o pe Tiligul Tiraspol cu 5-0, iar în campionat a obținut medaliile de bronz. A fost al doilea trofeu câștigat de o formație de fotbal din Găgăuzia. În 1959 echipa kolhozului „Put’ k kommunizmu” a devenit posesoarea Cupei ziarului „Molodioj Moldavii”, turneu rezervat celor mai bune echipe din mediul rural.

În 1991 Moldova a primit încă un loc de participare în campionatul URSS. La acel moment în competițiile unionale evoluau patru echipe din republica noastră: Zimbru Chișinău, Tiligul Tiraspol, Zarea Bălți și Tighina Bender. Astfel, a fost luată hotărârea de a crea o formației competitivă de fotbal și la sudul Moldovei, la Comrat. Echipa a primit denumirea Bugeac.

După cum menționează marele nostru enciclopedist Dimitrie Cantemir în celebra lucrare ”Descrierea Moldovei”: ”Bugeac în limba tătarilor înseamnă ”colț” și este numit așa fiindcă pământul ce se întinde între Dunăre și Nistru spre Marea Neagră face un colț ascuțit; se mai pare că acest nume vine de la numele vechi bessi, dat acestei țări de geografii și istoricii din vechime. Tot de aici se vede că se trage și numele Basarabia după cum s-ar putea înțelege din Ovidius...”.

Antrenor principal a fost numit experimentatul Alfred Fiodorov, fost internațional sovietic, care a disputat circa 200 de meciuri în liga superioară a campionatului URSS, finalist al Cupei URSS din 1965 în componența formației Krâlia Sovetov Kuibâșev (în prezent Samara). Președinte a devenit Nicolae Radov, iar șef al echipei Vladimir Vusatâi, actualul antrenor al naționalei Moldovei de futsal.

Din lot au făcut parte mai mulți tineri fotbaliști moldoveni care nu și-au găsit locul în celelate echipe din republică: portarii Evgheni Ivanov, Alexei Tătaru și Vladimir Coev, fundașii Oleg Bejenari și Boris Crimus, mijlocașii Eric Ococo, Oleg Flentea, Constantin Zlatovcen și Valeriu Picus, atacanții Serghei Alexandrov, Vlad Copoț, Vasile Uzun, Boris Babin, Marin Neicovcen și Alexandru Naumenco.

Bugeac a fost repartizată în seria a 5-a a Ligii a II-a inferioară (al patrulea eșalon valoric al fotbalului sovietic). Meciul de debut din campionatul unional comrățenii l-au disputat pe 21 aprilie 1991 în orașul Slaviansk-na-Kubani (regiunea Krasnodar, Federația Rusă) și au obținut victoria cu scorul de 2-0. Primul gol a fost marcat de Vasile Uzun.

Pe teren propriu echipa și-a făcut apariția pe data de 6 mai 1991. În prezența a circa 3.500 de spectatori pe un timp ploios Bugeac a învins formația Oka Kolomna cu 3-1 datorită golurilor marcate de Serghei Alexandrov (care a realizat o dublă) și Oleg Flentea. Pentru gazde au evoluat: Ivanov, Tcaciuc, Ș.Ceban (căpitan), Crimus (Grigorean, 88), Ococo, Felntea, Babin (P. Cebotari, 88), Picus (Uzun, 86), Naumenco (Neicovcen, 58), Zlatovcen, Alexandrov.

În clasamentul final Bugeac a acumulat 53 de puncte și a ocupat un prestigios loc trei (din 22 de participante), fiind întrecută doar de Spartak Anapa (63 puncte) și Svetotehnika Saransk (57 puncte). Cele mai multe partide le-a disputat Eric Ococo (40), iar golgheter al echipei a devenit Vasile Uzun care a marcat 10 goluri în 39 de meciuri.

La prima ediție a campionatului Republicii Moldova, cea de primăvară din 1992, Bugeac Comrat alături de celelalte patru reprezentante ale fotbalului moldovenesc în competițiile unionale a fost inclusă în Superliga (primul eșalon valoric).

În etapa inaugurală, pe 15 martie 1992, comrățenii au întrecut pe teren propriu formația Constructorul (viitoarea Agro) Chișinău cu scorul de 3-0. Primul gol a fost marcat de fundașul Victor Rusu în minutul 7. În repriza secundă încă două goluri le-a reușit atacantul Serghei Alexandrov.

Ceva mai devreme (în februarie) a debutat competiția dotată cu Cupa Moldovei. În șaisprezecimile de finală Bugeac a întrecut fără mari dificultăți echipa Spicul Florești 2-0 (au marcat Vâblov și Alexandrov) și 6-0 (Alexandrov – 3, Grișciuc – 2, Neicovcen). În ”optimi” a învins-o pe Moldova Borosenii Noi 4-1 (Alexandrov – 3, Grișciuc) și 1-0 (Zlatovcen). În sferturile de finală a trecut de Zimbru Chișinău datorită golului marcat în deplasare, 0-0 și 1-1 (Pocotilo). În semifinale după ce au învins acasă cu 3-0 (Alexandrov, Goptari, Vâblov) pe Tricon Cahul, au pierdut în retur cu 1-2 (Rusu).

În finală Bugeac avea s-o întâlnească pe Tiligul. Tiraspolenii erau considerați favoriți (în toamna lui 1991 această echipă a obținut calificarea în Liga Superioară a campionatului URSS), dar spre surprinderea multora victoria fără drept de apel (5-0) au obținut-o fotbaliștii din Găgăuzia. Golurile au fost marcate de Vladislav Pocotilo – 2, Serghei Alexandrov – 2 și Alexei Scala.

Antrenorul Serghei Dubrovin a aliniat în acel meci următorul ”11”: Coşelev, Crimus, Goptari, Sirotiuc (căpitan), Zaiţev, A. Scala, Copoţ (Vâblov, 78), Iu. Scala, Pocotilo (Pasecinic, 72), Gaidamaşciuc (Basarab, 76), Alexandrov.

După turul campionatului Bugeac împărțea locurile 2-3 cu Zimbru Chișinău (ambele echipe au acumulat câte 17 puncte). Înaintea ultimei etape aceste echipe aveau câte 33 de puncte (în runda precedentă Bugeac a învins Zimbru cu 3-1). Chișinăuienii au obținut victoria în fața Olimpiei Bălți, 4-2, și au acumulat 35 de puncte ca și Tiligul Tiraspol.

Evenimentele cele mai interesante au avut loc în meciul Moldova Borosenii Noi – Bugeac. În minutul 10 oaspeții au marcat un gol perfect valabil. Însă arbitrul Efim Vâgovschi a anulat golul și a indicat lovitură liberă indirectă pentru gazde, după care a întrerupt partida pe motiv că a fost agresat de staff-ul Bugeacului în frunte cu Serghei Dubrovin. Astfel, Vâgovschi i-a lipsit pe comrățeni de șansa de a-și adjudeca titlul de campioană în ”meciul de aur”. În acel sezon atacantul Serghei Alexandrov a devenit golgheterul campionatului (13 reușite) și al Cupei Moldovei (10 goluri). 

Bugeac Comrat a mai evoluat în campionat încă 4 sezoane, dar așa și n-a reușit să repete performanțele din ediția inaugurală. În clasamentul all-time al Diviziei Naționale Bugeac ocupă locul 21 (138 meciuri, +53=22-63, golaveraj 166-263, 181 puncte).

Jucătorul cu cele mai multe prezențe în DN este Constantin Zlatovcen – 86 meciuri, în perioada 1992-1996. Golgheterul formației în DN este Vlad Copoț – 21 goluri, în perioada 1992-1995.