Al VI-lea Congres Ordinar al FMF s-a desfășurat pe 6 februarie 2005. 

Pavel Cebanu a fost reales în funcția de președinte al Federației Moldovenești de Fotbal. Dintre cei 150 de delegați cu drept de vot au fost prezente 143 de persoane. 132 au votat pentru Pavel Cebanu și 11 – pentru Anatol Teslev. 

Nicolae Cebotari a fost reconfirmat în funcția de secretar general, iar Gheorghe Cîrlan, Valentin Cojuhari și Mihai Anghel – vicepreședinți ai forului fotbalistic. Noul trezorier a devenit Victor Sorocean din Bălți, care l-a înlocuit pe Constantin Roman, decedat. 

Din Comitetul Executiv au făcut parte: Pavel Cebanu, Nicolae Cebotari, Valentin Cojuhari, Gheorghe Cîrlan, Mihai Anghel, Victor Sorocean (toți – FMF), Victor Gușan (președinte FC Sheriff Tiraspol), Vladimir Țincler (reprezentant al veteranilor), Nicolae Sandu, Ivan Dragni (ambii – reprezentanți ai asociațiilor teritoriale), Grigore Corzun (vicepreședinte FC Tiligul-Tiras Tiraspol), Grigore Grigorișin (vicepreședinte Olimpia Bălți), Efim Agrici (președinte Viișoara Mileștii Mici), Vasile Roșioru (președinte Victoria Bardar), Veaceslav Caprovoi (președintele Comisiei de Arbitri a FMF), Borig Boguș, Fiodor Manolov (ambii –  reprezentanți ai obștimii fotbalistice), Dumitru Colev (președinte Kolos Copceac). 

Președinte al Comisiei de Cenzori a fost confirmat Petru Soltanici. 

Președintele Federației Malteze de Fotbal, membrul Comitetului Executiv al UEFA, Joseph Mifsud a înmânat diplome și cadouri comemorative personalităților din fotbalul moldovenesc, desemnate de FMF: Nicolae Ciornîi (președinte FC Zimbru Chișinău), Vasile Traghira (președinte FC Nistru Otaci), Anatol Teslev (campion european cu selecționata de juniori a URSS în anul 1966), Vladimir Țincler (unul dintre cei mai buni jucători moldoveni din istorie) și Igor Dobrovolski (campionul olimpic de la Seul 1988). Și fotoreporterul Boris Harcenco a fost premiat de UEFA pentru cea mai reușită fotografie a anului. 

La cel de-al VII-lea Congres Ordinar al FMF, de pe 16 martie 2007, desfășurat la Palatul Republicii din Chișinău, invitat special a fost Mircea Sandu, președintele Federației Române de Fotbal și membrul Comitetului Executiv al UEFA. El a menționat că forul moldovenesc de specialitate poate fi felicitat pentru investițiile făcute și anume construcția sediului FMF și al Centrului de pregătire al selecționatelor Moldovei de la Vadul lui Vodă. 

Președintele FMF, Pavel Cebanu a prezentat darea de seamă a activității Comitetului Executiv al forului în perioada 2005-2006. Vicepreședintele FMF, Mihai Anghel a informat delegații Congresului despre schimbările care trebuie făcute în statutul FMF la recomandarea FIFA. Aceste schimbări au fost votate. 

În continuare, în premieră, șase personalități ale fotbalului moldovenesc au fost distinse în premieră cu „Ordinul de Merit” al FMF. Este vorba despre fostul arbitru Iurie Ponomariov, președintele onorific al clubului Zimbru Chișinău, Nicolae Ciornîi, președintele clubului Sheriff Tiraspol, Victor Gușan și fostele glorii ale fotbalului autohton Vladimir Țincler, Anatol Teslev și Igor Dobrovolski. 

Al VIII-lea Congres Ordinar al FMF a fost organizat pe 6 februarie 2009. 

Pavel Cebanu a obținut al patrulea mandat de președinte al FMF cu o majoritate zdrobitoare de voturi. Dintre cei 189 de delegați cu drept de vot, au fost prezenți 185. Iată cum s-au împărțit voturile: Pavel Cebanu – 170, Alexandru Guzun – 10, Igor Oprea- 4, Petru Efros – 1, Vasile Vatamanu – 0. 

Nicolae Cebotari a fost reales în funcția de secretar general, iar Victor Sorocean – trezorier. Prim vicepreședinte a fost votat Mihai Anghel, în timp ce Gheorghe Cîrlan, Radu Rebeja și Nicolae Sandu au devenit vicepreședinți. 

Iată care a devenit componența Comitetului Executiv al FMF: Pavel Cebanu, Victor Sorocean, Mihai Anghel, Gheorghe Cîrlan, Radu Rebeja, Nicolae Sandu (toți – FMF), Andrei Cecetov, Serghei Chiseliov, Nicolae Ziuzin (tustrei – reprezentanți ai Diviziei Naționale), Valeriu Reniță, Ivan Dragni (ambii – reprezentanți ai Diviziei A), Vasile Roșioru (reprezentant al Diviziei B), Vladimir Tonciuc (reprezentant al Asociațiilor Raionale), Efim Agrici (reprezentant al Organelor FMF în teritoriu), Ilia Uzun (reprezentant al UTA Găgăuziya), Alexandru Burlacu (reprezentant al Asociațiilor de profil), Veaceslav Caprovoi (reprezentant al Comitetelor FMF), Ghenadie Grigorișin (reprezentant al obștimii fotbalistice), Vladimir Țincler (reprezentant al veteranilor fotbalului moldovenesc). 

Cel de-al IX-lea Congres Ordinar al FMF s-a desfășurat pe 9 august 2010, în sala de conferințe a hotelului LeoGrand din Chișinău. 

Cu un mesaj de salut către delegați a venit președintele FMF, Pavel Cebanu. Șeful forului fotbalistic i-a oferit apoi cuvântul lui Vlad Filat, prim-ministrul Republicii Moldova, care a vorbit în fața asistenței. Pavel Cebanu i-a înmânat lui Vlad Filat o medalie a Congresului FMF în aplauzele delegaților. UEFA a fost reprezentată la Congres de către Avi Luzon, membru al Comitetului Executiv UEFA și președintele Federației de Fotbal din Israel. 

Delegații au aprobat Procesul verbal al ședinței Congresului Ordinar nr.8 al FMF din 6 februarie 2009 și Hotărârea nr.55 din 8 iulie 2010 a Comitetului Executiv FMF referitor la afilierea unor noi membri. 

În continuare, Pavel Cebanu a prezentat Raportul referitor la activitatea FMF pentru perioada 2009-2010 și a fost aprobat raportul financiar al FMF pentru anul 2009. Delegații Congresului au stabilit mărimea cotizației anuale de membru al FMF, au aprobat modificările și completările în Statutul FMF conform recomandărilor FIFA și UEFA și delegarea unor atribuții ale Congresului către Comitetul Executiv FMF. 

„Ordinul de Merit” al Federației a fost decernat lui Leonid Ulanov, Valeriu Colbasiuc, Boris Harcenco, Gheorghe Tegleațov și Igor Marchevici pentru merite deosebite în dezvoltarea și promovarea fotbalului moldovenesc.