Congresul este organul suprem și legislativ al Federației Moldovenești de Fotbal. El este compus din delegați oficial numiți de către membrii afiliați la FMF, aceștia fiind cetățeni ai Republicii Moldova și autorizați pentru a-i reprezenta. Atribuțiile Congresului se stabilesc de Statutul FMF, în conformitate cu legislația RM, precum și actele normative ale FIFA și UEFA. Congresul poate fi ordinar sau extraordinar. 

Primul Congres, care a fost, de fapt, conferința de constituire a Federației Moldovenești de Fotbal a avut loc pe 14 martie 1990 și a durat șase ore. În debutul adunării, Dumitru Munteanu, Președintele Comitetului de Stat pentru cultură fizică și sport al Republicii Sovietice Socialiste Moldovenești a prezentat un raport despre starea fotbalului autohton. În continuare s-a discutat despre statutul FMF, care a fost adoptat cu o majoritate de voturi. Acordul final al conferinței a fost alegerea oamenilor de conducere a federației. Cu o majoritate de voturi, președinte al FMF a fost ales Grigore Cușnir, lucrător de răspundere la Comitetul Central al Partidului Comunist al RSSM, deputat al poporului din RSSM. Prim-vicepreședinte a devenit Ion Caras, vicepreședinte – Ivan Hovjun, iar secretar general – Petru Comendant. 

FMF a substituit Federația de Fotbal din RSSM (președinte – Victor Reabcici), dizolvată la începutul anului 1990. 

Următorul Congres a avut loc peste un an, pe 19 octombrie. 

Înainte de lucrările Adunării Generale a FMF, președintele Grigore Cușnir și vicepreședintele Ivan Hovjun și-au prezentat demisiile. 

Petru Comendant, secretarul general, a prezentat darea de seamă despre activitatea FMF timp de un an și jumătate și a propus un plan de măsuri privind ameliorarea situației fotbalului din țară. La tribună au urcat mai mulți delegați, care au vorbit despre dezvoltarea fotbalului moldovenesc în viitor: organizarea unui campionat național, ameliorarea bazei materiale, fotbalul pentru copii, pregătirea cadrelor, includerea în activitatea competițională internațională etc. 

În funcția de președinte al FMF a fost ales Constantin Tampiza, viceprim-ministru al Republicii Moldova, ministru al economiei naționale, iar în biroul federal au intrat 15 persoane. 

Cel de-al III-lea Congres Ordinar a avut loc pe 23 decembrie 1995, la Pretura Centru din Chișinău. 

La Conferința de dare de seamă și alegeri ale forului au fost alese în unanimitate toate candidaturile propuse în posturile de conducere. Președinte onorific a devenit Constantin Tampiza, președinte executiv – Petru Comendant, vicepreședinte – Anatol Teslev, iar secretar general - Pavel Cebanu. 

Iată care a fost componența biroului federal: Constantin Tampiza, Petru Comendant, Anatol Teslev, Pavel Cebanu, Petru Soltanici (toți, FMF), Tudor Grușevschi (președintele CSA Victoria Cahul), Vladimir Gurițenco (președintele Federației de fotbal a orașului Chișinău), Valeriu Rotari (președinte FC Constructorul-93), Nicolae Ciornîi (președinte FC Zimbru), Victor Sorocean (viceprimarul orașului Bălți), Anatol Brumari (vicepreședinte FC Nistru Otaci), Petru Caraman (președinte FC Nistru Ciobruciu), Vasile Țurcanu (președinte FC Spumante Cricova), Anatol Țurcanu (viceprimarul municipiului Chișinău), Boris Boguș (antrenor principal FC Tebas Nord-Vest Chișinău), Valeriu Beregoi (președinte MHM-93 Chișinău), Ghenadie Grigorișin (președinte FC Olimpia Bălți) și Dionisie Antocel (președinte onorific FC Tebas Nord-Vest Chișinău). 

Pe 1 februarie 1997 s-a desfășurat cel de-al IV-lea Congres Ordinar al FMF, la lucrările căruia au participat 143 de delegați. 

Președinte a fost ales Pavel Cebanu, care a adunat 79 de voturi. Ceilalți candidați la această funcție, Eugen Știrbu și Anatol Țurcanu au acumulat 37 și, respectiv, 22 de voturi. Încă un candidat la postul de președinte FMF, Anatol Teslev și-a retras candidatura înaintea procedurii de vot. 

Secretar general a devenit Vasile Cucu, vicepreședinte responsabil de lucru cu selecționatele Moldovei – Anatol Teslev, vicepreședinte responsabil de activitatea economică și internațională – Nicolae Ciornîi, iar trezorier – Constantin Roman. 

În noul Comitet Executiv al FMF au intrat: Pavel Cebanu, Vasile Cucu, Anatol Teslev, Nicolae Ciornîi, Constantin Roman (toți, FMF), Grigore Corzun (Tiligul Tiraspol), Anatol Brumari (Nistru Otaci), Ghenadie Grigorișin (Olimpia Bălți), Boris Boguș (Tebas Nord-Vest Chișinău), Nicolae Schidu (Răut Orhei), Vasile Roșioru (Victoria Bardar), Valeriu Beregoi (MHM-93 Chișinău), Anatol Țurcanu (viceprimar mun.Chișinău), Ilia Pascal (Locomotiva Basarabeasca), Anatol Cupțov (Federația de Fotbal a orașului Bălți), Valeriu Rogozenco (președintele Ligii Ziariștilor Sportivi), Vladimir Gurițenco (președintele Federației de Fotbal din municipiul Chișinău). 

Al V-lea Congres Ordinar al FMF s-a desfășurat pe 3 februarie 2001. 

Pavel Cebanu a fost reales în funcția de Președinte FMF cu votul unanim al celor 156 de delegați prezenți la Adunarea generală. Gheorghe Cîrlan, Valentin Cojuhari și Mihai Anghel au fost aleși vicepreședinți, Nicolae Cebotari – secretar general, iar Constantin Roman – trezorier. 

În componența Comitetului Executiv al FMF au mai intrat: Victor Sorocean (Asociația de Fotbal din Bălți), Nicolae Sandu (Asociația de Fotbal din Tighina), Ivan Dragni (Asociația de Fotbal din Cahul), Grigore Corzun (președinte FC Tiligul), Victor Gușan (președinte FC Sheriff), Vladimir Țincler (director tehnic FC Zimbru), Boris Boguș (președinte FC ULIM), Vasile Roșioru (președinte FC Victoria Bardar), Fiodor Manolov (președinte FC Congaz), Nicolae Crăciun (președintele Comisiei de Arbitri), Ghenadie Grigorișin (reprezentantul obștimii fotbalistice).